Recherche de bio-marqueurs (SELDI-TOF)

Présentation

Localisée au sein du Centre de recherche en Cancérologie, la recherche de biomarqueurs représente une activité majeure de la plateforme protéomique au CRCM. Applicable aux échantillons biologiques complexes, notamment sériques, plasmatiques ou tissulaires, la technologie SELDI-TOF MS (Surface Enhanced Laser Desorption/Ionization - Time Of Flight Mass Spectrometry) permet d’identifier des profils protéiques associés à des paramètres cliniques ou histologiques, et donc de générer de nouveaux biomarqueurs diagnostiques, pronostiques ou prédictifs. Ces marqueurs sont ensuite identifiés par les méthodes de spectrométrie de masse conventionnelles.

Responsable

Anthony Gonçalves

Principe

La méthodologie seldi-Tof repose sur la comparaison de profils protéiques. Cette technologie permet de détecter et mesurer la masse des protéines ou sous-populations de protéines présentes dans un mélange complexe, serum, plasma, extraits cellulaires ou autres...Pour une protéine donnée, le signal mesuré par le spectromètre de masses étant proportionel à l’abondance de cette protéine, la comparaison de profil de masses permet de mettre en évidence des variations quantitatives.

La mesure des masses est réalisé par un spectromètre de masse à temps de vol (TOF, Time Of Fly) particulièrement bien adapté à l’analyse de grandes séries d’echantillons. L’echantillon à analyser est déposé sur une plaque SELDI (Surface Enhanced Laser Desorption/Ionization) qui a la particularité de présenter une surface chromatographique qui permet de retenir spécifiquement des sous-populations de protéines et de simplifier la complexité de l’echantillon.

Pour simplifier davantage la complexité des extraits protéiques, des techniques de fractionnement protéiques peuvent être utilisées en amont du dépot sur cible Seldi. Nous disposons pour ce faire d’un automate de prépation d’échantillon qui permet l’enrichissement de populations protéiques sur des support chromatographiques.

Appliquée à un grand nombre d’échantillons, cette technologie permet d’obtenir des signatures protéiques. Les biomarqueurs potentiels sont ensuite purifiés sur des matrices chromatographiques similaires à celles utilisées lors de la phase de découverte. L’identification est ensuite réalisée par spectrométrie analytique conventionnelle.

Protocoles

Les protocoles utilisés sont les protocoles standart proposés pour la technologie Seldi-TOF, fractionnement de sérum sur support chromatographiques...

Equipements

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Seldi-Tof, première génération
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Robot de préparation d’échantillons